双脱氧链终止法的Sanger双脱氧链终止法(酶法)测序程序
一、双脱氧链终止法的Sanger双脱氧链终止法(酶法)测序程序
(一) Sanger双脱氧链终止法(酶法)测序程序 操作程序是按DNA复制和RNA反转录的原理设计的。
1.分离待测核酸模板,模板可以是DNA,也可以是RNA,可以是双链,也可以是单链。
2.在4只试管中加入适当的引物、模板、4种dNTP(包括放射性标记的ddNTP,例如32P ddNTP和DNA聚合酶(如以RNA为模板,则用反转录酶),再在上述4只管中分别加入一种一定浓度的ddNTP(双脱氧核苷酸)。
3.与单链模板(如以双链作模板,要作变性处理)结合的引物,在DNA聚合酶作用下从5’端向3’端进行延伸反应,32P随着引物延长掺入到新合成链中。当ddNTP掺入时,由于它在3’位置没有羟基,故不与下一个dNTP结合,从而使链延伸终止。ddNTP在不同位置掺入,因而产生一系列不同长度的新的DNA链。
4.用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳同时分离4只反应管中的反应产物,由于每一反应管中只加一种ddNTP(如ddATP),则该管中各种长度的DNA都终止于该种碱基(如A)处。所以凝胶电泳中该泳道不同带的DNA 3’ 末端都为同一种双脱氧碱基。
5.放射自显影。根据四泳道的编号和每个泳道中DNA带的位置直接从自显影图谱上读出与模板链互补的新链序列。
二、Sanger法测序的原理是什么?
Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基因,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
Sanger法是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得可见的DNA碱基序列。
其实就是在四个不同的反应体系中加入不同的终止剂,让DNA互补链的合成分别随机的停止在A、C、G、T处,然后去跑个高分辨率的胶,跑的最远的就是第一个碱基,然后依次类推,分别可以读出其碱基的排序
三、氨基酸的茚三酮反应,sanger反应,edman反应有何实际应用?
茚三酮反应:2,2-二羟基-1,3-茚三酮与氨基酸、肽类或蛋白质的自由α氨基或其他氨基化合物所产生的一种可定量的显色反应。所呈现的颜色随反应的条件(酸度、温度、盐浓度、铜、镉离子等)不同而异。用于氨基酸和肽的层析及定量测定。
sanger反应:在弱碱性溶液中,氨基酸的α-氨基很容易与2,4-二硝基氟苯作用,生成稳定的黄色2,4-二硝基苯氨基酸。可用于鉴定多肽或蛋白质的N-末端氨基酸。
edman反应:主要用于蛋白质或多肽氨基末端逐个进行测序。
四、想做Sanger测序,请问没有纯化的PCR产物能直接送去测序吗?
可以啊,我反正是用PCR产物直接测序的,不过前提是你的条带比较单一,电泳条带比较亮,这样测出来结果比较好。如果你的条带不单一,建议还是先连载体,再测序。无论是PCR产物还是克隆后测序,很多公司都可以做的,你可以试试金唯智,我在那儿测过,测的还不错。
五、sanger测序法是如何在亲子鉴定中行用的?
首先,不是所有基因都要测,只测极少部分的标记片段,因为亲子鉴定主要是依据等位基因等信息来确定多个个体间的遗传关系,所以也没必要全测,全测一般人用亲子鉴定的费用也测不起吧目前。一般实践中测的位点会在10几个左右吧,结果如果有3个或超过3个位点不同,则100%排除亲子关系;如果是2个不同或1个不同,则考虑变异可能性,可以加测更多位点。一般排除的准确率应该是100%的,确认的准确率99.9%,不同服务商给出的数据里可能9的个数会不太一样,但大体上是一致的。
其次,现实中确实有部分亲子鉴定的目的是确认小孩到底是自家父亲的,还是叔叔伯伯的这种情况,理论上也是可以分辨出来的。但亲子鉴定的结果并非是确认关系,而是排除关系。
亲子鉴定的基本过程和原理通俗地描述如下吧,希望更加专业的朋友来补充:
1 取样,制备:很多生物医学实验都是这样,包括你去医院化验,都是取样送到医学检验科的;
2 PCR扩增:简单说,就是样品数量非常有限,DNA太少,PCR扩增是复制大量的DNA出来,容易在实验中识别;
3 上机测序跑电泳:即主要是测序仪来完成测序的过程;先要打开DNA双链,加入一些标记,检测结果就主要靠这些标记来识别片段长度等信息;然后跑电泳,粗浅理解为让DNA在电压下“游泳”,因为不同长度的DNA片段游泳的速度不同,那么结果就可分离出不同的长度片段了。 微博上很多做生物实验的人晒图片,也会晒自己的电泳结果图的。